כבר במהלך המסע לעדן (שארך בין כמה שבועות לכמה ימים, תלוי במקום היציאה בתימן), לווה בהליכה מפרכת, העולים נשדדו ולעיתים קרובות נדרש מהם כופר מגורמים שלטוניים שונים. העובדה שהמחנה עלה על גדותיו מהר מאד הביא את הבריטים לסגור, בספטמבר 1949, את הגבול מתימן לעדן. העולים נאלצו לשהות בסמוך לגבול בחוסר בכל, במקום בו ככל הנראה רבים מהם נדבקו במחלות טרופיות ורבים נפטרו. כאשר הבריטים איפשרו סוף את המעבר, הם הגיעו למחנה חאשד במצב רפואי קשה ביותר.

אולם גם כאשר הגיעו העולים למחנה בעדן לא תמו תלאותיהם. במחנה עצמו לא היו מספיק מקום לכמות גדולה כל כך של אנשים. בתחילת דרכו של המחנה היה בו רק רופא אחד, ואנשי סגל רפואי, מהארץ או מארה"ב סירבו להגיע לעדן. מנהל המחנה מטעם הג'וינט, יוסף סימון, התעמר בעולים. חברת התעופה שנשכרה על ידי הג'וינט לא שלחה די מטוסים (כי הג'וינט, שלא ידע כמה עולים יגיעו, לא התחייב מראש לשלם על הטיסות). קצב הפינוי מהמחנה, שני מטוסים בלבד על הקו, איפשר להעלות מהמחנה כמה מאות יהודים בכל חודש והיה נמוך בהרבה מקצב הכניסה אליו. הדבר החמיר את הצפיפות, המחלות והיעדר ההיגיינה. המחנה בחאשד נוהל כמחנה הסגר רפואי בו הפרידו את העולים מסביבתם והפרידו בין מבוגרים לילדים. התינוקות רוכזו בבתי תינוקות כי השהות בסככות הפתוחות (ומאוחר יותר באוהלים) סיכנה את חייהם. בין הרופאים שניהלו את המחנה לבין העולים, היו לא מעט ויכוחים, רבים מהם על רקע דתי.

בנתיים בישראל, אלה שקיבלו את העולים שהגיעו באותם חודשים, הופתעו ממצבם הרפואי הקשה, שלא דמה למצבם של עולי תימן בגלי העלייה הקודמים. צוות של משרד הבריאות שנשלח מהארץ כתב דו"ח קשה מאד על המצב במחנה. השורה התחתונה של הדו"ח הייתה שהדרך היחידה להציל את העולים ולמנוע את המשך התמותה ממגפות, היא שהדרך היחידה להציל את העולים ולעתור את התמותה הרבה היא להביאם במהירות ארצה, על אף מצבם הרפואי הקשה והעומס שהם יטילו על שירותי הבריאות של המדינה הצעירה. בן גוריון, כראש ממשלה קיבל את המלצת כותבי הדו"ח. ממשלת ישראל והסוכנות היהודית לקחו פיקוד על ניהול העלייה. מנהל המחנה מטעם הג'וינט הודח, צוותים רפואיים נשלחו מהארץ לסייע לעולים, ומטוסים רבים נשכרו על מנת לזרז את קצב העלייה.

ילדים שחלו אושפזו, אך לעיתים, הם הועלו יחד עם הוריהם בתנאי שיילקחו לאשפוז מייד בהגיעם ארצה. בחלק מהתיאורים עולה שלמטוסים הועלו ילדים שלצוותים הרופאים היה ספק אם ישרדו את הטיסה. ילדים רבים נפטרו הן במהלך המסע לחאשד, והן בחאשד. חלק מהתלונות שהוגשו במהלך השנים בנוגע לילדים שנעלמו, נגעו להיעלמות בחאשד (20 תלונות בועדת קדמי). בשל היעדר תיעוד מסודר על הטיפול שם, עבור המרבית המקרים הללו לא נמצאו תעודות המעידות על כך שנפטרו, למרות שסביר שזה מה שעלה בגורלם.