מספר הילדים ששמם נקשר בפרשה הולך ועולה עם השנים. כארבעים תלונות הוגשו למשטרה מראשית שנות ה-50 ועד להקמת ועדת בהלול מינקובסקי (וב"ם) בשנת 1967. לוב"ם הוגשו תלונות על היעלמות 363 ילדים. לועדת שלגי, שהוקמה בשנת 1988, הוגשו תלונות לגבי 299 נעלמים נוספים, ולידי ועדת החקירה הממלכתית, שהוקמה בשנת 1995, הוגשו תלונות לגבי 412 נעלמים נוספים. לפי ועדת החקירה הממלכתית, חקרו שלוש הועדות תלונות בנוגע לגורלם של 1,056 ילדים. יצויין כי ועדת החקירה הממלכתית הזכירה שישנן טענות שונות לגבי המספר הכולל של הנעדרים הנעות בין 1,500 ל-5,000. נתן שיפריס בספרו "ילדי הלך לאן" משנת 2019, מציג רשימה של 2,050 שמות שנאספו על-ידיו ועל-ידי עמותות ופעילים העוסקים בנושא בשנים האחרונות.

הוועדה הפלמנטרית בראשות ח"כ נורית קורן שפעלה בשנים 2018-2017 חקרה כ-300 מקרים. דו"ח הסיכום של הועדה לא מפרט את מספרן המדויק של המשפחות שפנו אליה, כמה מהן בנוגע למקרים חדשים שלא פנו לוועדות קודמות, ומה היו תוצאות הבדיקה בעניינו. קורן אמרה בדיוני הוועדה שלא נמצא מקרה של ילד שתועד כנפטר והתברר כי הוא בחיים.

מתוך אותם 1,053 מקרים שהוצגו בפני שלוש ועדות החקירה, 5 ילדות אותרו בחיים, ובאף אחד מהן לא היה מדובר במקרה של חטיפה. לגבי 929 נמצא שנפטרו וב-69 מקרים לא הצליחו הוועדות לקבוע מה עלה בגורל הילדים (מהם 13 שנעלמו עוד בהמתנה לעלייה בתימן, בטרם העלייה לארץ). ילדים אלה הוגדרו על-ידי הוועדה כ"עלומים".

בדיקה נוספת של ממצאי הועדה בעקבות פתיחת חומרי הארכיון העלתה שמספר "העלומים" גדול יותר, והוא מגיע כנראה לכ-90. ברוב המקרים מדובר על ילדים שנלקחו לטיפול רפואי ולהוריהם נמסר שנפטרו. לפי שאר ממצאי הוועדות, יש להניח שזה אכן מה שארע. הוועדה לא איתרה במקרים אלה תיעוד מספק כדי לקבוע את דבר הפטירה בוודאות משפטית, ככל הנראה כיוון ששיבושים ברישום מנעו את זיהויים או עקב אובדן הרישום עם השנים.

לגבי רובם ניתן להעריך בסבירות גבוהה כי נפטרו. הסיבה לכך היא שברוב המקרים להורים נמסר כי הילדים נפטרו, ובכל המקרים האחרים בהם נמסר להורים שהילדים נפטרו הדבר התסבר כאמת. המייחד את רוב המקרים האלה הוא שמדובר בשתי קבוצות של ילדים - ממחנה חאשד בתימן (בדרך לעלות ארצה) וממחנה עין-שמר. משני אתרים אלה לא נשמר תיעוד ובהעדר תיעוד רשמי מעבר לעדות של ההורים לפיה נאמר שהילד נפטר, הוועדה נאלצה לציין שהילד נותר "עלום". לגבי המספר הקטן יותר של ילדים שלהוריהם לא נמסר שנפטרו, קיימות שלוש אפשרויות סבירות, שכנראה שכל אחת מהן נכונה לגבי חלק מהילדים, על פי עדויות ומסמכים מהתקופה: 1. אפשרות אחת שסימנים לה מופיעים במחקרים ובעדויות בפני ועדות החקירה היא שעקב מחדלים בירוקרטיים וטעויות בזיהוי, הוחזרו תינוקות למשפחות הלא נכונות, במקרה זה משפחות אחרות מקרב יוצאי תימן. 2. קיימות עדויות של אחיות לפיהן נסעו להחזיר ילדים להוריהם, אך ההורים סירבו לקחת את הילד בטענה שאינו ילדם. לפחות עדות אחת כזו נכתבה בזמן אמת בערבו של ארוע שכזה על-ידי האחות שהייתה משוכנעת שהגיעה למשפחה הנכונה ושאלה לא זיהו את תינוקם כיוון שנמסר במצב של תת-תזונה וחזר אליהם ילד בריא שחזותו השתנתה. הסבר אפשרי אחר הוא שהאחיות לא היו מודעות לטעות ברישום שאכן הובילה אותן לאוהל הלא נכון. 3. אנחנו יודעים היום שהיו מקרים של ניתוק קשר עקב רישום שמות לקוי. כך למשל ילד שהועבר מבית חולים הדסה במחנה ראש העין לבית חולים הדסה בירושלים (לאחר שבית החולים בראש העין נסגר), השתבש רישום שמו בהעברה בין המוסדות, כך שהמוסד הקולט לא ידע כלל שילד העונה לשם שאותו מחפשים מאושפז אצלו. במצבים טראגיים שכאלה נכשל נסיון לאתר את ההורים על פי הרישום המקורי והילד הועבר לאימוץ. מקרים אלה אמנם יכולים להיות מוסברים בקשיי התקופה, אך אסור היה שיקרו גם אז ואין להתעלם מאלמנט של רשלנות שחייב להיות חלק משרשרת ארועים כזו.

חשוב לציין שלמרות שאפשרויות אלה סבירות ואפשריות, פרט למקרה המפורסם של מרים שוקר, עדיין לא אותר ילד שאבד בנסיבות כאלה, גם במקרים הספורים בהם ידוע שהילד העלום לא נפטר.