על היעלמותו של רפאל משען לא הוגשה תלונה לאף אחת משלוש ועדות החקירה. עם זאת, בשנת 2011 מסרה אימו עדות לאתר עמר"ם, לפיו הילד נלקח מהמשפחה בהיותו בן מספר חודשים, בשנת 1949. לדבריה המשפחה אולצה לאשפז אותו לאחר שהילד לקה ב"קצת חום, לא שום דבר יותר. לא שלשול, לא זה...". בעדות שמסרה האחות לאתר Ynet בשנת 2015 לא הוזכר כלל דבר מחלה, אלא נטען שהילד נלקח בטענה שהוא מועבר למקום בטוח יותר עבורו עקב התנאים הקשים במעברה, אולם לאחר יומיים נמסר למשפחה שהוא נפטר, ולא הוצגו לה גופה או קבר. האחות סיפרה כי המשפחה קיבלה את דבר מותו של הילד, אולם לאחר שנפוצו עדויות על חטיפות הסיקה שזה גם היה הגורל של בנה.
יומנו של אבי הילד, המובא בעדות האחות באתר עמר"ם, מספר סיפור מעט שונה על נסיבות אשפוזו. כך כתב האב ביומנו, בראיה הסמוכה ביותר לזמן קרות האירועים: "באחד הלילות רוח זוועות נשבה, וגשם שוטף ירד מן השמים. הילדים הקטנים שישנו באוהל אתנו הצטננו וחלו בשלשול עם חום. התינוק הקטן רפאל בן חמשת החודשים קיבל הרעלת קיבה וכשירדנו לתל-אביב הובלנוהו אל בית החולים הממשלתי ביפו, שם נפח את נשמתו הזכה והטהורה אור ליום ג' י"ט לחודש אלול תש"ט 13/9/49". פטירתו וקבורתו של הילד מתועדים היטב במסמכים שנמצאו בארכיון ועדות החקירה: באלפון הקבורה של בית העלמין קרית שאול מופיע שמו ברשימת הנפטרים בתאריך המתאים. כמו כן אותרו רשיון הקבורה מטעם משרד הבריאות המפרט את סיבת המוות (הרעלת קיבה) וכן ההפניה לקבורה מטעם החברה קדישא. כמו-כן, ביקור בחלקת הקבר הרשומה באלפון הקבורה מצא שאכן המקום מסומן בשמו של רפאל משען.